Термин «строматолит» впервые был введён в научный обиход известным немецким геологом Эрнстом Кальковским, профессором Высшей технической школы и директором Музея минералогии, геологии и естественной истории в Дрездене. В 1908 году он опубликовал фундаментальную работу «Оолиты и строматолиты в северогерманских цветных песчаниках». В ней он первым сделал вывод, что строматолитовые постройки образовались в результате деятельности микроскопических водорослей. До этого исследователи принимали их за натёчные минеральные образования наподобие сталактитов либо за окаменевшие губки или кораллы.
Строматолиты являются одним из главных свидетельств существования жизни на Земле в те далёкие времена, о которых мы знаем крайне мало, так как не сохранилось никаких других окаменевших остатков. Наиболее древними из них считаются строматолитовые известняки, находящиеся в западной Австралии, абсолютный возраст которых составляет 3,46 миллиарда лет, а также в Зимбабве (южная Африка), возраст которых 2,8 - 3,2 миллиарда лет. В России, на Карельском перешейке найдены строматолиты возрастом более 2 миллиардов лет.
Большинство строматолитов образовалось в докембрии. Под этим термином объединяют громадный промежуток времени в истории Земли ― архейскую и протерозойскую эры общей продолжительностью более трёх миллиардов лет. Они встречаются и в более молодых отложениях, однако значительно реже и они менее разнообразны. Строматолитовые отложения обнаружены во многих точках земного шара.
Механизм формирования ископаемых строматолитов стал гораздо понятнее, когда были обнаружены современные строматолитовые постройки. В настоящее время молодые строматолиты существуют на прибрежных отмелях и в мелководных лагунах Персидского залива и Багамских островов, в заливах Шарк-Бей на западе Австралии и Сиваш в Крыму, в солёных и содовых озёрах пустынь центральной Азии, Мексики и США, в горячих источниках Исландии и Новой Зеландии, в Йеллоустонском национальном парке, в кратере вулкана Узон и в Долине гейзеров на Камчатке, у мест выхода вулканических газов на Курильских островах.
Эрнст Кальковский (Ernst Louis Kalkowsky) (1851-1938) – известный немецкий геолог, директор минералогического музея в Дрездене. Он первым правильно оценил биологическое происхождение слоистых минеральных образований и дал им название «строматолиты» (в переводе с древнегреческого «ковровые камни»).
Большой вклад в изучение возраста докембрийских отложений с помощью строматолитов внесли российские учёные. Проведённые ими исследования позволили разделить Протерозойскую эру продолжительностью почти два миллиарда лет на более мелкие временные отрезки и уточнить их границы. По принятой у нас в стране стратиграфической шкале они носят названия карелий или ранний протерозой (2500–1650 млн. лет назад) и рифей ― средний и поздний протерозой (1650–542 млн. лет назад). В самом конце Протерозойской эры выделяется вендский период (650–542 млн. лет назад)..